隨著時代變遷,紀念堂自2003年起展開一連串蛻變、轉型歷程,活動主題與內涵愈加貼近民眾的育樂生活。2003年1月本處收回原借予國立臺灣藝術教育館使用之中正藝廊,開始舉辦各式展覽活動,尤其2003年11月首度引進「羅浮宮埃及文物珍藏展」,吸引近40萬民眾進場觀展,開啟紀念堂接觸國際大展之重要里程碑。為拓展藝文及社教空間,2006年4月起進行堂內局部空間整建工程,包括演講廳、展廳擴建、2樓行政區局部整建、3樓展廳及學習教室之增建,直至2008年9月23日竣工,隨之藝文活動如雨後春筍般的出現,時有創舉。2007年紀念堂歷經組織改制、換匾,由文建會公告指定為國定古蹟,2008年8月自「國立臺灣民主紀念館」回復成「國立中正紀念堂管理處」之組織編制,2009年7月中正紀念堂牌匾重新掛回。
2009年起每年循例辦理蔣中正總統學術研究,並與國史館、中央研究院、中正文教基金會等交流合作。2010年本處與杜魯門總統圖書館簽署兩館展覽合作備忘錄,開啟館際教育、科學及文化之國際交流;同年本處創設文化商品部,逐步運用紀念堂元素開發商品,正式跨足文化創意產業,而後導入品牌形象設計專案。2011年開始實施國立社教機構作業基金制度,活絡處務資金之運作。配合行政院組織改造政策,本處自2012年5月20日改隸文化部,延續社會教育理念,並依照文化部政策,維護古蹟並打造文創品牌形象,提升民眾生活美學素養,進而建立創意精緻藝文交流平臺,營造世界級的觀光休憩環境等為努力目標。
一、推動大型特展,與民間建立合作機制
  2003年11月本處與民生報合辦具教育、娛樂意義之大型特展「羅浮宮埃及文物珍藏展」,展出172組、609件文物,創下國內特展史上最高的展品數。2008年7月再度引進具教育、娛樂意義之大型展覽「長毛象特展」,中央通廊人山人海、熱鬧非凡,而後每年均推出國際特展,其中2011年6月「木乃伊傳奇-埃及古文明」特展逾60萬人次參觀,創下本處特展舉辦迄今最多參觀人次。為與民眾分享每場展覽帶來的感動體驗,本處2004年12月首次發行展覽年鑑,爾後每年定期出版。
二、建構全民學習環境,提升生活美學素養
  本處最早針對成人規劃的學習課程可溯自1993年開辦的技藝研習班, 1999年更名「終身教育活動」,開始收受報名費,2012年更名為「生活美學研習班」,持續以健康養生、東方書畫、西方繪畫、喜閱書房、美麗人生、嗜說新語、古藝薪傳等七大系列,以及美學品味坊,開設文化藝術相關課程,班數、學員數成長幅度逐年增加,學員人次更增至萬人以上,成績斐然,已成為本處作業基金之重要收入來源。對於青少年及學童則提供創藝學園課程、中正兒童冬夏令營及校外教學活動,使美學及環境教育得以從小扎根。
三、定目劇首次登台,形塑文化觀光品牌
  為使觀光客參觀紀念堂之餘也能聆賞表演藝術節目,本處於2011年3月將定目劇列為重要政策,同年10月至12月以「臺灣經典戲曲藝術節」為名推出首次定目劇,委由當代傳奇劇場以傳奇風雅為主軸,推出《安天會》、《龍鳳閣》系列和《三岔口》、《兄妹串戲》等劇目計18場售票活動,吸引約6,000人進場觀戲。2012年當代傳奇劇場在文化部文化觀光定目劇經費的補助下,本處協辦,以「傳奇風雅2」為名推出《武聖關公》、《新鬧龍宮》、《包青天》等8齣劇碼,66場演出活動。為鼓勵民間優質劇團演出定目劇,本處於2012年5月公告演出計畫,2013年由舞鈴劇場、當代傳奇劇場帶來特色劇目。配合定目劇演出之需,本處分於2011年8月及2012年6月進行演講廳(今中正演藝廳)共二期改善工程,以建立專業、安全的劇場環境。
四、多元運用園區資源,發揮寓教於樂功能
  為有效運用園區資源,使其兼具休憩及教育機能,本處自2004年起結合學術及社會資源,陸續建置定向運動教學園區、生態教學園區、雨水貯集教學園區、數學步道、蕨類植物園區、環境教育植物生態步道、樂活花園等,並編製各式摺頁、手冊,成為校外教學、親子活動及民眾休閒的最佳場所。此外,日本「中央大學學員日華友好會」於2005年2月首次贈送本處300株櫻花,本處特置「友好之櫻」石碑;2011年洽請行政院農委會農業試驗所贈送梅樹32株,讓民眾無須千里迢迢到陽明山,可就近到中正紀念公園賞櫻觀梅。為有效掌握樹木資源,本處於2011年完成全園區喬木普查,建置樹籍資料庫,有助於各項查考與應用。
五、加強古蹟管理維護,活絡文化資產價值
  中正紀念堂開放迄今,堂體建物歷經歲月的洗禮,期間曾維修過寶頂、牌樓琉璃瓦、牌匾、堂內天花板及藻井等,逐漸衍生古蹟保存維護的問題。本處自2007年11月起由當時的文建會公告指定為國定古蹟「臺灣民主紀念園區」,包括中正紀念堂、正面牌樓、民主廣場及民主大道。為落實古蹟管理維護工作,保存並活用古蹟之文化歷史價值,2011年8月本處撰擬「國定古蹟臺灣民主紀念園區管理維護計畫」,復於2012年依據「古蹟理維護辦法」再予修訂,10月11日奉文化部核備;11月委外辦理「國定古蹟臺灣民主紀念園區調查研究」,以作為本處古蹟維護管理之藍圖及上位計畫。此外,公園景觀維護管理部分,2005年11月開始延聘園藝、景觀及文化資產保存維護領域之專家學者組成「景觀諮詢會」,提供景觀推動政策之專業指導。